衛太子在長安城發兵大鬧九天之後，兵敗逃亡，不知去向。
漢武帝氣得半死，大臣們都感到憂慮恐懼，不知道該怎麼辦。所謂「父子之間，人所難言」，更何況這對父子是皇帝與太子。對於臣下來說，這時候不管跟漢武帝說什麼都有可能會因此而倒大楣，還不如閉嘴。
這時，有一個名為「茂」的勇者出現了。茂是壺關（縣名）的三老（掌管地方上的教化），他上書極力剖析太子的無辜。
茂的上書說：
「衛太子對皇帝而言是骨肉之親，而江充只不過是個關係疏遠的賤臣。江充仗著皇帝的命令逼迫太子，太子既沒辦法見到皇上，又受困於亂臣，他的滿腹冤屈無處申訴，嚥不下這口氣，因此才起兵殺害江充，之後畏罪逋逃。
衛太子的行為就像兒子竊取父親的兵器以自救，除此之外沒有別的邪念。希望皇上不要相信讒言，江充已經有用讒言陷害趙太子的前科，全天下都知道這件事，他有這樣的下場是罪有應得。
皇上沒有發現江充在搞鬼，反而大力追究太子的罪過，在盛怒之下發動大批兵力來追捕太子，這種情況下沒有人敢說真話。希望皇上不要太過苛責太子所犯的過錯，儘快罷去軍隊，不要讓太子長期在外流亡。」
漢武帝讀了茂的上書，心有所感，於是醒悟過來。但是衛太子起兵的行為已然是公開造反，流亡在外的太子就像一顆不定時炸彈，這已經成為一個很棘手的政治問題，不是僅屬於父子之間的私事。
因此漢武帝當下並沒有下令赦免衛太子，太子依然因反逆大罪而被追捕。
衛太子逃出長安城後，往東逃亡，最後藏匿在湖縣泉鳩里的一戶窮苦人家中。這戶人家家境不好，時常賣鞋來供養太子。太子有相識的舊人在湖縣，聽說對方是有錢人家，太子便派人去叫他，因而暴露了自己的行蹤。
八月辛亥（8 日），一群官吏出動圍捕太子。太子自己覺得無法脫逃，就進入寢室、把門抵住，上吊自殺。
山陽縣人張富昌正在服兵役，被派來參與圍捕太子的行動，他用腳踹開寢室的門。新安縣的令史（官府裡的基層公務員）李壽上前抱住太子，並解開勒住太子的繩子。藏匿太子的屋主在與官吏的格鬥中身亡，太子的兩個兒子也一起遇害。
衛太子有三個兒子、一個女兒，在太子起兵後全部都遇害。太子一家只剩一個太子的孫子活下來（後來的漢宣帝），他當時才出生幾個月，也被關進監獄裡。
漢武帝雖然為太子的死感到悲傷，但還是信守之前所下的追捕造反者有賞的命令，而封李壽與張富昌為侯。
在此後的一年之中，漢武帝並沒有為衛太子昭雪，反倒是繼續肅清與衛太子親近的人物。太子死後的隔年，征和 3 年（西元前 90 年），漢武帝處死了與衛太子有往來的三名匈奴、東越降將。同一年，衛青的好友兼老部下公孫敖也因巫蠱罪名被族誅。
漢武帝也沒有因為太子的死，而停止捕殺行巫蠱的人。
征和 2 年以後，一些有頭有臉的政治人物依然持續牽扯進大大小小的巫蠱獄案而丟掉性命，這種情況恐怕持續到漢武帝死亡為止。
巫蠱這種罪名之所以會在當時泛濫成這樣，一方面固然是因為年老體衰的漢武帝真的相信有人在詛咒他，因此看到巫蠱就要殺。另一方面也是因為這種罪名很容易成立，因為「犯罪證據」太好捏造。
如果皇帝要整肅誰、或者仇家要栽贓陷害誰，巫蠱罪名就很好利用。在漢武帝在位的最後幾年內，有不少人因巫蠱罪名被殺，但是這些人之所以被殺的真正原因可能是各有不同。
征和 2 年、征和 3 年有不少與衛氏家族有關的人物因巫蠱罪名被殺，這些人之所以被處死，絕不是單純因為真的行巫蠱，而是漢武帝有意為之。
衛太子死後的隔年，因巫蠱罪名被處死的人裡面，除了有一些是上述和衛家有關的人物之外，還有另一批人是因為牽涉到皇位的繼承問題而被殺。
衛太子去世後，漢武帝的皇子還剩下四個。現在劉據不在了，太子的位置空了出來，漢武帝又年老多病，各方勢力開始蠢動了起來。
劉據倒台後，燕王劉旦自以為按照長幼排行，太子該輪到他來當了，於是劉旦上書請求漢武帝讓他回長安侍奉皇帝。燕王如果待在封地，遠離首都，是不可能順利繼承王位的。因此劉旦這封上書自然是向漢武帝求太子之位的意思。
然而劉旦這下子可捅到了馬蜂窩。漢武帝本來就沒有意思要傳位給劉旦，看到劉旦來討太子位子的上書馬上就被激怒，索性把劉旦派來傳遞文書的使者丟進監獄。
劉旦的難兄難弟廣陵王劉胥在這個時候根本沒戲分，可見有多不受寵。
帳面上最有希望被立為太子的人是昌邑王劉髆。
前面已經提到，漢武帝很寵愛劉髆的母親李夫人，而現下劉髆的舅舅李廣利還是貳師將軍。率兵平定衛太子叛亂的當朝丞相劉屈氂，也不知在何時跟李廣利結成了兒女親家。看來昌邑王正是形勢大好。
征和 3 年 3 月，漢武帝清算衛氏黨羽的動作還沒有完全停止，李廣利又被任命為大將，領兵出擊匈奴。李廣利出征前，丞相設宴為大軍送行。
丞相劉屈氂與李廣利辭別的時候，李廣利告訴丞相：希望丞相盡快請立昌邑王為太子，如果昌邑王當上皇帝，丞相就可以高枕無憂了。劉屈氂隨即答應。
只可惜劉屈氂與李廣利也是猜不透漢武帝的想法，昌邑王並不是漢武帝真正屬意的傳位人選。
征和 3 年 6 月，丞相劉屈氂也很不幸地搭上了巫蠱獄案這班車。
內者令（掌管張羅布置殿內，可能是宦官）郭穰告發丞相夫人行巫蠱，說是因為丞相屢次受到皇帝譴責，丞相夫人因而找來巫師舉行儀式詛咒皇帝。丞相夫人還和貳師將軍李廣利共同禱告祭祀，祈求昌邑王能當上皇帝。
政府的主管單位請求查驗巫蠱的證據，查完之後判處劉屈氂夫婦「大逆不道」罪。漢武帝下令用載食物的廚車載著劉屈氂遊街示眾，送到東市腰斬；劉屈氂的妻與子都在華陽街梟首示眾。
李廣利的家人也連坐被收押。
李廣利這趟出兵本來就師出不利、兵敗如山倒，又在前線聽到家人因牽扯到巫蠱獄案而被收押，他只好投降匈奴。李廣利的家族也因此被漢武帝誅滅。
至於昌邑王劉髆本人，雖然史書沒有留下任何記載，但恐怕也不會太好過。
本來因為巫蠱而除去了衛太子，昌邑王可說是從中得利，沒想到現在巫蠱的火燒到自己身上來，母家有力的親戚都被殺害。
劉髆最後硬是比漢武帝早一年去世（薨於後元元年，西元前 88 年）。
頗令人懷疑是否在劉屈氂、李廣利倒台之後，漢武帝給他施加了什麼壓力，他才會先於漢武帝死去。
最後漢武帝屬意的繼承人是征和 3 年時才五歲大的老么劉弗陵。不過劉弗陵年紀太小，而母親趙倢伃還很年輕，漢武帝擔心自己身後會有皇太后專權亂政的問題，因此一直沒有立劉弗陵為太子。
再回頭來說漢武帝對衛太子的態度轉變。
壺關三老茂上書後，漢武帝了解到衛太子是受江充逼迫，在走投無路之下才起兵；只是基於某些政治考量，他還是繼續剷除衛家的勢力。
不過漢武帝在情感上畢竟是動搖了。
征和 3 年，繼茂之後，又有另一位勇者上書申訴衛太子的冤枉。
在漢高祖的廟裡工作的郎官田千秋，自稱有一天作夢夢到一個白髮老人教他上書幫衛太子伸冤（這種「我夢到誰怎樣怎樣」的託辭其實跟八卦板差不多，就是試圖減輕自身的責任或模糊消息來源的措施）。
對於衛太子的事情，漢武帝本來已經有點後悔，這時看到田千秋的上書，或許情緒又再次被觸動，於是漢武帝召見了田千秋。剛好田千秋又是個外貌協會的人，長得高又好看，漢武帝一看就中意。
漢武帝對田千秋說，這是漢高祖廟裡的神靈派你來告訴我太子的冤屈。於是漢武帝破格提拔田千秋為大鴻臚（掌管接待外賓的中二千石官），隔年（征和 4 年，西元前 89 年）資歷尚淺的田千秋竟然就接替已經被正法的劉屈氂為丞相。
田千秋當上丞相的時候，衛太子已經去世兩年。經過兩年的沉澱之後，漢武帝此刻對太子的無辜感到又憐憫又悲傷。
太子當年在湖縣殞命，後來也葬在此地。漢武帝於是在湖縣建造「思子宮」，又在宮中修築一座「歸來望思之臺」，以表達對太子的哀思懷想之情。全天下的人聽到這件事都感到悲傷。
漢武帝的後悔、悲傷並不是建個宮殿就發洩完畢。征和 4 年以後，武帝開始反過來清除當初加害於衛太子的人。
陷害太子的首謀江充已被太子殺死，漢武帝把江充的家族都誅殺殆盡。幫江充逮捕太子的黃門蘇文被綁在車水馬龍的橫橋上燒死。
當初在長安城大戰中領兵與太子作戰而立下功勞的人，與在湖縣捕獲太子而得到封賞的人，在漢武帝去世前的兩年內，一個個被安上不同的罪名收拾掉。
後元元年（西元前 88 年），與太子作戰勇猛而封侯的商丘成因罪自殺，捕獲太子而封侯的李壽犯罪被處死。與李壽一起捕獲太子而封侯的張富昌，被不明人士殺害。
在湖縣泉鳩里曾經拿兵器攻擊太子的某個人（史失其名），一開始因有功而被任命為北地太守，後來漢武帝把他給族誅。
同一年內，在長安城大戰中立下大功的莽通，因為他的哥哥與江充交情很好，兩兄弟害怕漢武帝大肆屠殺與江充相關的人士而波及到自己，因此密謀想殺害皇帝。最後東窗事發，兩兄弟都以謀反罪名被腰斬。當年因追隨莽通作戰而封侯的景建，也被莽通的謀反牽連而判處腰斬。
漢武帝在征和 4 年、後元元年的這些屠殺，除了幫衛太子報仇之外，另一個目的可能也是要幫自己最小的兒子劉弗陵的繼位鋪路。因為商丘成、李壽、莽通這些人，在衛太子死後多多少少都跟支持昌邑王的李廣利私下有往來。
漢武帝臨死前因為衛太子而殺了這麼多人，那麼他有沒有公開幫衛太子平反、宣布衛太子無罪呢？答案是沒有。
主要原因大概有兩個。第一，雖然當時很多人認為太子沒有行巫蠱詛咒皇帝，是江充誣陷太子，才迫使太子起兵造反。但太子畢竟是真的發兵造反了，長安城內這麼多人都被牽連，這件事情是不可能被掩蓋的。造反是足以判處族誅的大罪，不可能輕易就赦免。
第二，漢武帝是要讓少子劉弗陵繼承皇位的，如果幫衛太子平反了，劉弗陵的處境就會有點尷尬。
漢朝帝位是傳給直系子孫、不傳兄弟的，如果劉據名義上仍是合法的繼承人，那皇位豈不是該傳給劉據唯一一個留下來的直系孫子，身為弟弟的劉弗陵立場何在呢？還不如就讓劉據是個罪人，他的那支家系就順理成章失去了繼承權，幫漢昭帝（劉弗陵）省掉麻煩。
歷史的發展總是充滿波折，冥冥之中似有天意。漢武帝拖到臨死前幾天才立劉弗陵為太子，但武帝既不想再讓外戚有干政的機會，也不信任劉弗陵的母親趙倢伃，早在這一天來臨前已先將她給逼死。
漢武帝挑選來保護小皇帝的人，正是出身於衛太子母家的霍光。
霍光是霍去病同父異母的弟弟，可能是因為他謹慎小心、從未犯過錯，所以沒有被衛太子的獄案所牽連。漢武帝臨死前任命霍光為輔政大臣，輔佐年紀還小的新皇帝。
當時又有誰會知道，十三年後，那個出生幾個月就被關進監獄裡的太子的孫子，竟然即位成了皇帝。
這都是後話了。
「巫蠱之禍」關鍵史料
班固，《漢書》，卷 6、17、45、63、66，〈武帝紀〉、〈景武昭宣元成功臣表〉、〈蒯伍江息夫傳〉、〈武五子傳〉、〈公孫劉田王楊蔡陳鄭傳〉。
「巫蠱之禍」參考書目
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