明應政變是室町幕府史上首次有幕府將軍被管領廢黜的事件。究竟為什麼已是一人之下，萬人之上的細川政元要做出如此破天荒之舉呢？
其實我們首先要了解到，政元決定廢掉義稙，不只是因為與義稙關係不佳，這裡還隱含了政元十分浩大的政治藍圖。
在這之前，有必要簡單地介紹一下這個值得大家記住的人物：細川政元，他跟兩個將軍義尚及義稙年齡相若，都是「亂後世代」。經歷了應仁文明之亂後， 在幕府「三管四職」的七家中，「三管」的斯波、畠山兩家已經元氣大傷，不具威脅，至於「四職」的赤松、山名、一色、京極四家也因為各自領地都有內亂而難以分身。幕府內部就只剩下管領細川家依然屹立不倒，靠的除了是當家的才幹和作為管領的政治資本外，還有賴背後一直支持宗家的各個分家。
政元身處這種客觀情況下繼承了細川宗家，獲得了前所未有的更大、更自由的政治空間，本應可以大有作為。然而，他的性格行為卻又是一個問題。
據成書於戰國後期的軍記 如《足利季世記》等所載，政元終日醉心於山伏修道，到 40 歲時都未曾娶妻，也不好女色，還曾經與家臣微服遠到北陸道越後國參拜巡訪，嚇得當時的越後守護上杉房定不知所措。
然而，到了中年後，為了管領細川家以及政局的穩定，他收養了 3 人做養子，作為不同位置的接班人；分別是細川澄元、細川澄之及細川高國。這 3 人也終究因為他們這位我行我素的養父而走向自傷殘殺，禍起蕭牆的結局。
不過，政元的這 3 名養子其實便是他宏圖大計的重要棋子。首先是細川高國，他出身的野州細川家，同樣是細川家分家中的中流砥柱，也是血緣上跟宗家比較親近的，所以高國是第一個被政元收養的養子，後來也終於有機會出人頭地。
而第二位的細川澄之的來頭就更加不容忽視了。他本來是攝關家中的九條政基之子，後來被政元收為養子。管領收養攝關家的子弟做養子可謂絕無僅有，也反映政元在當時的確權勢一時無兩。澄之還有一個重要的政治本錢，即他的生母是上述堀越公方足利政知正室的姐妹，換言之，澄之與被政元擁立的新將軍足利義澄是表兄弟關係。
更重要的是，政元是在發動政變前 2 個月左右才收澄之作養子的，因此可以推斷，政元擁立義澄為將軍背 後，其實有著很深的計算。
至於最後一位細川澄元是細川氏分家，阿波守護細川家出身，也是政元晚年才收養的養子。阿波細川家一直都是在背後支撐著宗家的重要一員，在其後的歷史發展中，這一支分家人才輩出，並且一直都扮演著不可或缺的角色，以後再談。
歷史學者審視這 3 名養子的身份及來歷後，認為政元的政治大致是這樣的。
首先，藉著義稙沒有政治靠山，趁其羽翼未豐時把他扳倒。接著，扶植與自己關係較好，又有攝關家做親戚的義澄做新將軍，另一邊再將從九條家那裡新收養的澄之扶持為自己的接班人，同時相中堀越公方足利政知的兒子、也就義澄胞弟潤童子，他「如無意外」將會成為下一任的堀越公方。
這樣一來，除了一直與幕府對立的古河公方外，幕府將軍、管領以及堀越公方，還有攝關家都會通過政元的政治工作連結在一起，再連同細川兩大分家阿波家和野州家出身的兩個養子澄元與高國作後援，這個由管領細川家綴合強化，並以細川家為核心的「新幕府重建大計」便活現眼前。因為這個原因，史學家認為當年政元突然造訪越後守護上杉氏也是計劃的一環，目的就是要鎮守關東，為幕府監視古河公方的上杉家也支持這個計劃。
不過要留意的是，政元即使扶植義澄成為將軍，但他仍然一如既往地我行我素，跟將軍家保持距離。因此，可以相信政元的政治藍圖「如無意外」的話或許會為幕府統治重新帶來穩定，但那個藍圖中的將軍、公方都只會是他的棋子而已。而且，要「如無意外」地完成整個藍圖，前提是政元的領導必須一直保持強勢才行。
但是，「如無意外」的期待總是會出意外的。義稙被廢掉時，在河內國自殺的畠山政長遺兒畠山尚順於明應 6 年（1497）晚秋突然從紀伊國發兵攻入河內，大敗曾得到政元幫助的宿敵畠山義豊。尚順舉兵的消息一出，時在越中的義稙認為時機已到，立即糾集各路人馬，謀求歸位回鑾。包括越前的朝倉貞景、京北的比叡山延曆寺等，紛紛響應。
到了明應 8 年（1499）初，隨著畠山義豊兵敗自殺，他年僅 11 歲的遺兒畠山義英僥倖逃出生天。這個結果對於一直想利用畠山家內鬥，坐收漁人之利的政元來說，自然是十分不安的事。另一邊，成為當時畠山家唯一代表的畠山尚順及其背後的足利義稙為報明應政變之恥，也當然和政元水火不容。
然而，這次處於極度劣勢的政元為勢所迫，急須打破局面，這時候他的家臣團終於發揮出真本事，先由猛將赤澤朝經攻擊了比叡山延曆寺，再一舉攻下尚順方的幾個要塞，迫得尚順再次逃到紀伊國。
另一方面，與京都只有一步之遙的義稙正打算一鼓作氣攻入京都，卻被他之前打敗的六角高賴偷襲得手，義稙只能倖免於難，逃到比叡山延曆寺暫避，之後再暗中逃到防長的大內義興處。政元幾經辛苦，總算是暫時解除了外部威脅。
不過，這只是難關的開端，最終政元的計劃還是難產了。首先，雖然在細川政元的慫恿下，畠山義豐的遺兒──畠山義英在長大後重燃畠山家的內亂，與畠山尚順再生戰鬥，但不久之後，義英不甘扮演政元的傀儡，轉而尋求跟宿敵──畠山尚順和解，兩家同意瓜分河內國的統治權，並且在永正元年（1504）達成和解協議。
畠山家的和平固然是打擊，但是更重大的打擊還在後頭。先是早在延德 3 年 （1491）足利茶茶丸之亂爆發，原本按政元的計劃，將成為下任堀越公方的潤童子被長兄茶茶丸殺害，東國支配最重要的拼圖就此消失。再者，整個計畫的策劃人──細川政元自己也在永正 4 年（1507）6 月，遭自己最重視的養子──細川澄之的黨羽暗殺，為一切畫下句號。
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